Constituye el conjunto románico más importante que existe en España, siendo síntesis de estilos desde el románico hasta el barroco. Impulsada por Fernando y Ssancha, fue sede de una importante escuela de marfiles, azabaches y orfebres.

Antecedentes: templo del siglo IX dedicado a S. Juan Bautista, que sustituye a un templo romano dedicado a mercurio.

Con motivo del translado desde Córdoba de los restos del niño mártir S.Pelayo, se cambió la advocación del templo. Fue destruido por Almanzor y reconstruido más tarde en ladrillo y materiales pobres por Alfonso el de los Buenos Fueros, siendo en tiempo de Fernando y Sasncha (siglo XI), cuando se hace la nueva obra por manos de Petrus Deustamben.
La ilglesia tiene planta de cruz latina, con tres naves y tres ábsides, dos de estos estilo reománico y el central del s.XVI en estilo gótico flamígero.

Fachada

PORTADA PRINCIPAL
Puerta del Cordero: De estilo románico, abocinada con tres columnas y tres roscas de arco. El tímpano presenta la Ascensión por dos ángeles del Cordero sujetando en una pata la cruz. Presenta como características la ley de adaptación al marco. También se representa la escena del Sacrificio de Isaac, Siendo el primer tímpano que contiene varias escenas. En el intradós se presentan motivos geométricos, estando bordeado el arco con taqueado jaqués. A la derecha, imagen de San Pelayo, procedente del templo anterior. A la izquierda, S.Isidoro de Sevilla, Doctor de España. Escenas del Rey David y los Músicos.

PEINETA
De estilo Barroco ( s.XVIII), obra de los Valladolid. Presenta el Escudo Real de España y una estatua ecuestre de San Isidro, vencedor del Real de Baeza.

PUERTA DEL PERDÓN
Situada en el Hastial del crucero sur, es obra del maestro Esteban, que trabajaría en la Catedral de Santiago de compostela, presenta el tímpano tres relieves: Descendimiento, Tres Marías ante el sepulcro y la Ascensión.

PORTADA DE LOS QUIÑÓNEZ
Visible desde el interior, es obra del Maestro de las Serpientes, columnas de mármol con capiteles y tímpano con taqueado jaqués.

INTERIOR
Tres naves con diferentes alturas, siendo la central más elecada y cubierta con bóveda de cañón y las laterales con bóveda de arista.

CRUCERO
Arcos polilobulados de influencia musulmana, con ábsides laterales rematados por bóveda de horno.

CAPILLA CENTRAL
De estilo hispano-flamenco, obra de Juan de Badajoz el Viejo, rematada con bóveda de estrella, a los píes Coro del siglo XV.
En total existen unos doscientos capiteles de larga y disparar temática: burlesco, vegetal, bíblico, anecdótico.

CAPILLA MAYOR
Presenta un Retablo compuesto por veinticuatro tablas renacentistas, obra del Maestro Pozuelo. Custodia de García Crespo; Urna de San Isidoro, obra de Rebollo.

PANTEÓN REAL
De principios del siglo XI.Constituía el antiguo pórtico del templo dedicado a San Juan Bautista y San Pelayo. Es lugar de enterramiento de los Reyes de León. Reposan los restos de 23 Reyes y Reinas, 12 Infantes, 4 Condes, entre otros Alfonso V, Fernando y Sancha, Bermudo y Urraca la Zamorana. Tiene planta cuadrada, constituida por tres naves con dos columnas en el medio que dividen el espacio en seís tramos cubiertos con policromía. Los capiteles son de estilo paleocristiano con temática bíblica, anecdótica y floral.

PINTURAS
Son de la segunda mitad del siglo XII y están realizadas sobre estuco blanco, dibujando con trazos negros y relleno con fondos ocre, amarillo, rojo y gris.

TEMA PRINCIPAL
Se presentan escenas del Nuevo Testamento (Asunción, visitación , Anunciación, Nacimiento, Anuncio a los pastores, Adoración de los Reyes, Sagrada Cena, Prendimiento de Jesús, Calvario, Escenas del Apocalipsis), Pantocrátor (Cristo Reinante) y Tetramorfos.

Uno de los motivos más conocidos es el calendario Agrícola, en el que se representan los meses a través de las diferencias tareas agrícolas propias de la época.

Está influida por la liturgia mozárabe, que a pesar de estar abolida por el Concilio Castellano, tenía honda reigambre en el pueblo de León.