A diferencia de lo que ocurría con al iglesia de Santa María del Azogue, en el caso de San Juan conocemos documentalmente el inicio de su construcción. La obra fue iniciada por doña Eldoncia, hija de los condes Osorio y Teresa, que en 1181 se encontraba en Benavente construyendo una iglesia, “de sillares de piedra cuadrados” con el consejo y autoridad de la Orden del Hospital de San Juan.

Una construcción románica de piedra, era indudablemente muy costosa en aquella época y pronto se dio cuenta de que sin ayuda económica no se podría llegar a culminarla. Por ello recurrió a la Orden del Hospital y a su prior en España, Pedro de Areis. Estos le otorgaron varias rentas y bienes inmuebles de Benavente, Santa María de Requejo (en la actualidad despoblado), Villaquejida, Villafer, Arrabalde, Maire de Castroponce y otros lugares. Debido a esta ayuda el templo pasó a la protección de los caballeros del Hospital y tomó la advocación de San Juan que en la actualidad se mantiene. La encomienda que poseía la Orden en Benavente, se encargó de supervisar las obras, a través de un procurador. El documento del que estamos hablando fue firmado en Septiembre de 1181 y entre los confirmantes figuran algunas de las personas que participaron en la repoblación de Benavente en la época de Fernando II. Al año siguiente debió ser consagrada la cabecera de la iglesia, a cuya fecha corresponde la inscripción que en la actualidad se puede ver en una lateral del templo junto al altar mayor.

El carácter sanjuanista del templo se mantuvo a lo largo de toda la Edad Media, como lo prueban los escudos y sepulcros que existen en su interior. La iglesia de San Juan de Mercado presenta un estilo románico más puro que su compañera Santa María, sin embargo no se cubrió finalmente su cubierta con bóvedas, sino que en la actualidad existe un techo de madera con un tejado a dos aguas.

Composición de la Iglesia

La planta de la iglesia tiene tres naves con un crucero que no sobresale del conjunto. La cabecera es la típica románica con tres ábsides semicirculares, similares a los de Santa María del Azogue, pero con una decoración de jaqueado en las impostas, similar a la de los edificios situados en el camino de Santiago.

El templo tiene tres portadas, todas ellas del mas puro estilo románico. Destaca por el amplio desarrollo iconográfico la situada al Mediodía, recogida bajo un arco apuntado, la cual tiene semejanzas con el famoso Pórtico de la Gloria de la Catedral de Santiago de Compostela. El tema central que soporta el tímpano es el de la Adoración de los Reyes Magos. En el centro aparece la Virgen con el Niño sosteniéndolo entre los brazos, y a su izquierda están los reyes en actitud de presentar sus ofrendas.

A la derecha, un poco apartada, está la figura de San José dormitando apoyado sobre un bastón. En el resto de la portada aparecen escenas relacionadas con el nacimiento de Jesucristo.

En el centro de la primera arquivolta aparece la Estrella de Belén, también puede reconocerse a los Magos antes Herodes, ante quien hace guardia un soldado con la espada en alto, con un largo escudo y vestido con una malla típica de la época medieval.

A la derecha de la estrella se ven los pastores durmiendo y junto a ellos varios ángeles incensando.

Son también de destacar las seis esculturas adheridas a las columnas que representan a los profetas, reconociéndose entre ellos a Moisés, David y el Precursor (San Juan Bautista) vestido con pieles; adornan los modillones una cabeza de Toro y un sonriente ángel señalando un libro abierto en el que se lee “Mateus” y las primeras palabras de su evangelio. En la primera portada están los símbolos de los cuatro evangelistas. Todas las figuras de esta monumental puerta presentan algunos restos de su antigua policromía, predominando los tonos rojo, azul, verde claro y amarillo, el primero sobretodo en los fondos y miembros de la arquitectura, que se realizaron en el siglo XIII.

En el amplio intradós del arco principal se ven los restos de las antiguas pinturas, que según Gómez – Moreno corresponden a las figuras de los ancianos del Apocalipsis, sentados por parejas en doce filas, con sus coronas y ropas de varios colores en campo rojo. Las otras dos portadas son más sencillas, sin tímpano, destacando la decoración de tipo esquemático a base de lóbulos y entrelazado, con algunos animales de carácter mitológico. La correspondiente al lado norte daba paso a un claustro desaparecido, es pequeña y es similar a la de Santa María del Azogue, aunque bastante simplificada.

En el interior de la iglesia se encuentran algunos restos de pintura destacando un fresco bastante deteriorado en el muro derecho. Representa la escena de la Virgen con su hijo muerto en sus brazos junto a la cruz. En escultura destacan algunas piezas procedentes de las iglesias de Benavente ya desaparecidas. Hay una Piedad que procede del Monasterio de los Jerónimos. San Antonio Abab que estaba en la Iglesia de San Antón y San Ciprian procedente de las de San Miguel. También existe algún retablo gótico, muy deteriorado, y con remiendos, guarnecido por una moldura romana, del siglo XVI, y que contiene tableros de temas de San Ildefonso, el Nacimiento y la Epifanía; y dos parejas de apóstoles dentro de arcos , sobre fondo de oro. El conjunto se atribuye a algún discípulo de Juan de Borgoña.