En 1624, la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios se instala en la ciudad de Mérida y crea este edificio. En él se atendía a personas sin medios y el mantenimiento corría a cargo del Ayuntamiento emeritense. En 1764, según reza en los paneles de su fachada principal, se realizaron en él obras de ampliación que concluyeron en 1768.

El edificio se organiza alrededor de un claustro central, con dos niveles de arquerías. Desde él se accede a la iglesia, edificio de planta octogonal, cubierta con cúpula y dotada de grandes hornacinas-altares. Su portada está dotada de un arco de medio punto, con pilastras adosadas.

En el año 1983 comenzó la reforma del antiguo Hospital para convertirlo en sede de la Asamblea de Extremadura. Se destruyó el tejado de la antigua iglesia para sustituirlo por una cúpula y se eliminó la espadaña. De esta forma, el perfil de la iglesia tomó el aire que mantiene en la actualidad convirtiéndose en el hemiciclo regional, verdadero centro funcional de la Asamblea hasta su reciente traslado a dependencias adjuntas.

En la actualidad el patio noble da acogida a diversas exposiciones temporales.