El templo de San Juan de Puerta Nueva se alza junto a la puerta oriental del recinto amurallado más antiguo de la ciudad, cuya apertura data de 1171. Su construcción corresponde a la segunda mitad del siglo XII, aunque sufrió diversas modificaciones hasta bien entrado el siglo XIV.

Las tres naves originales quedaron reducidas a una sola a partir de 1564, cuando el edificio resultó muy dañado tras el hundimiento de la torre en 1559. Dos grandes arcos formeros soportan un sencillo artesonado.

Las tres capillas de la cabecera se cubren con bóvedas de crucería del siglo XVI, sobre la misma capilla mayor se yergue una aparente torre muy rebajada y maciza erigida en el siglo XVI, liberada de viviendas adosadas durante la década de 1980, y coronada por una réplica de la veleta del Peromato (un guerrero forjado en 1642 protegido por una armadura de fines del siglo XVI).

La portada meridional está flanqueada por dos esbeltas columnas y con tres arquivoltas de medio punto decoradas con motivos florales que también decoran el intradós, emparentadas con la portada septentrional de San Martín de Salamanca, y otros sencillos asuntos vegetales. Las arquivoltas se apoyan sobre capiteles de anchas hojas y fustes a veces retorcidos, y semicolumnas de elegante factura que evocan la cripta baja del Pórtico de la Gloria de Santiago de Compostela.

Sobre la portada meridional, el muro está perforado con un hermoso rosetón de rueda de carro primorosamente labrado.

Hacia occidente se abre otra portada gótica muy recompuesta, con un gran ventanal rasgado y calado.