Tras varios siglos siendo una iglesia mozárabe, fue perdiendo su uso conforme avanzaba el proceso de islamización. En el año 1186, cuando Alfonso VIII conquistó la ciudad, el edificio estaba en ruinas.
Poco después, se levanta una segunda iglesia que integraba el antiguo templo y una ampliación. Estando en proceso de obra, el templo fue arrasado hasta casi su demolición en el año 1196, tras la incursión almohade. A lo largo de los siglos XIII y XIV, se erige el tercer templo, el definitivo, del cual han subsistido hasta nuestros días algunos de sus principales elementos.
Tras la desamortización, la iglesia de la Magdalena se convierte en un corral en el que se cobijan ganados desde la primera mitad del siglo XIX hasta bien entrado el siglo XX, y que convive desde el año 1861 con un espacio doméstico que ocupa parte del templo, al edificarse una casa en dos alturas y un horno, utilizándose este edificio como tahona.
El interior de los ábsides conservados y las naves son utilizados como espacio municipal para usos diversos hasta inicios del siglo XXI, cuando se acomete un importante proyecto de adecuación, restauración y puesta en valor de la iglesia de la Magdalena por parte del Ayuntamiento de Plasencia.
Actualmente es una sala de promoción de la artesanía del lugar.