Los jesuitas se instalan en Villafranca en el año 1893 con el objetivo de cubrir las necesidades educativas de la época y cumplir así el deseo que  algunos vecinos manifestaron insistentemente a los superiores de la Compañía. El 19 de marzo de 1895 se coloca la primera piedra del Colegio, sirviendo con tal fin un sillar romano de la localidad.

El actual edificio inaugura sus primeras instalaciones en 1897, siguiendo el proyecto del arquitecto Francisco Rabanal.

El colegio está situado enfrente del Santuario de la Virgen de la Coronada, dentro un recinto completamente amurallado. Cuenta con unos bellos jardines en la parte delantera e instalaciones deportivas en la zona trasera. Ocupa una superficie total de siete hectáreas. Se trata de un gran complejo de tres alturas, realizado en piedra. A ambos lados de la galería central, hay dos cuerpos de edificios simétricos, articulados en torno a un patio ajardinado. En un principio, cuando el edificio empieza a utilizarse en 1897, solamente está edificada el ala derecha, muchos de los trabajos están sin concluir en esta fecha.

En 1902 se construyó lo que en la actualidad son las clases de primaria, locales que han tenido diferentes usos a lo largo de los años.

El edificio
El colegio consta de una galería que arranca en el vestíbulo y acaba en la capilla neogótica. La capilla se construyó entre 1905 y 1908, siguiendo el proyecto del arquitecto Enrique Fort. La planta es de cruz latina, nave central, crucero y coro. En el exterior llaman la atención: los pináculos, los altos contrafuertes y las elevadas y bellísimas vidrieras ojivales.

Será a partir de 1915 cuando el colegio se encamine a su finalización. En la fachada principal, el componente formal más significativo es el severo frontón, rematado con un airoso cuerpo superior. El edificio está presidido por una escultura de bulto redondo en mármol de Carrara con la figura de San José, patrón del colegio con el Niño Jesús en sus brazos. Esta figura se coloca en 1924.

Entre 1920 y 1924 se levanta el ala norte. Se construyó la escalera principal del edificio con mármol de Alconera, colocando entre 1924 y 1926 la azulejería con cerámica de Mensaque. La escalera recibe iluminación directa a través de tres vidrieras policromadas, obra de Maumejean, dedicadas a Santa Eulalia, Pizarro y Hernán Cortés.

En las paredes se pueden ver cuadros de cerámica pintada, “Jesús del Gran Poder”, de cerámica Sevillana y de cerámica talaverana, “La Virgen de Guadalupe”. Existen además otros siete cuadros de cerámica pintada y temática costumbrista. En 1932 se coloca el artesonado de madera de nogal en los techos de la escalera. Ese mismo año, los Jesuitas son expulsados por segunda vez de España, como consecuencia de un decreto de la II República Española, que declaró disuelta la Compañía de Jesús en España.

Guerra civil española
El colegio fue convertido en instituto estatal hasta que en 1936 volvió a ser ocupado por la Orden.

Durante la guerra civil española, sus dos primeros pisos sirvieron como hospital militar y el edificio acabó convirtiéndose en hospital marroquí. De ahí que dentro de sus instalaciones se encuentre hoy una mezquita, levantada para el culto de los musulmanes que se encontraban en el colegio en aquellos años.

Llama también la atención el magnífico salón de actos de 1949, obra de Martín Corral. Su estilo es neoclásico. Con una excelente acústica y un aforo de 1.000 personas.

En la actualidad
Actualmente, es un centro concertado y mixto.

En 2017 recibió la Medalla de Extremadura como reconocimiento a su trayectoria y labor educativa. Es uno de los centros más longevos de Extremadura.

Los cursos que se imparten abarcan desde educación primaria hasta bachillerato en tres modalidades: Ciencias, Humanidades y Artes Escénicas y Música.

Cuenta, además, con residencia internacional masculina y femenina renovada y es objeto de continúas mejoras y adaptaciones a los nuevos sistemas educativos. Recientemente ha incorporado aulas cooperativas dotadas con los últimos avances tecnológicos para mejorar la digitalización de la educación  de los más jóvenes.