Conocido como Pontem Novum, según documento de 1167, une el centro de la ciudad con los barrios situados en la otra margen del río Duero. Hasta el año 1310 compartió función con el Puente Viejo, cuando este fue destruido por una potente riada.

Tiene 16 ojos de arcos apuntados y dispone de tajamares y óculos para domesticar las envalentonadas aguas del río, crecidas tras las precipitaciones invernales y los deshielos primaverales.

Los vestigios actuales del Puente de Piedra no van más allá del siglo XIII, aunque resultó muy reformado durante los siglos XVI y XVII (Pedro de Ibarra, Martín Navarro, Hernando de Nates y Antonio Carasa).

El Puente de Piedra ostentó una torre por cada margen, ambas sirvieron como elementos de vigilancia, permitiendo el control de mercancías y garantizando el cobro del portazgo (La Gobierna hacia el sur).

Entre 1905 y 1907 el puente sufrió su reforma más agresiva, calificada por Gómez-Moreno como «nuevo atentado artístico seguido de impunidad silenciosa». El proyecto de intervención promovido por Federico Requejo Avedillo se basó en la necesidad de facilitar el acceso a los vehículos desde el sur de la ciudad e implicó el desmonte de los pretiles y las torres de los extremos, la eliminación del último arco en la embocadura de la margen derecha y la desaparición de la puerta del último recinto amurallado de la ciudad.