El Santuario Patronal de Nuestra Señora de la Coronada es uno de los primeros edificios religiosos que se construyó una vez fundada la villa de Villafranca.

La tradición popular establece su origen en la aparición milagrosa de una talla de la Virgen María a un campesino de Villafranca. A raíz de esa aparición, se construiría una pequeña capilla para albergar la imagen y rendirle culto. Sin embargo, las primeras referencias documentales datan de finales del siglo XV. Según los libros de visita de la Orden de Santiago, en 1484 existía extramuros de la villa una pequeña capilla dedicada a Nuestra Señora de la Coronada. Debido al estado de conservación en el que se encontraba, el prior de San Marcos de León, Don García Ramírez, ordena su derribo y la construcción de una iglesia de nueva planta. El edificio actual es el heredero de este segundo templo dedicado a la Virgen de la Coronada.

Inicialmente contaba con un cuerpo central dividido en tres naves y cubierto con artesonado, una capilla mayor cubierta con bóveda de crucería, sacristía y la torre campanario. Con el paso de los siglos la devoción a la Virgen fue en aumento y motivó un amplio programa de reformas en su templo durante el siglo XVIII que cambió la fisonomía tardomedieval original.

El cuerpo principal fue sustituido por una sola nave cubierta con bóveda de cañón, se construyó el camarín de la Virgen, se reformó la sacristía, se amplió el cuerpo superior de la torre y se construyó el coro alto. Junto a estas reformas arquitectónicas también se dotó al templo de nuevos ornamentos.

En la segunda mitad del siglo XVIII se instala el actual retablo rococó que cobija la imagen original de Nuestra Señora de la Coronada, del siglo XVI. Se encargan nuevos retablos para las capillas laterales como el de Santa Lucía, imagen anónima del siglo XVI y el de San Francisco de Paula, tallada por el escultor sevillano Blas Molner, y se incorporan otros retablos y enseres procedentes del desaparecido convento de monjas clarisas de Villafranca, como son los retablos de la Encarnación y de la Amargura, ambos de estilo barroco.

Durante el siglo XIX también se dieron importantes cambios: se instala la reja de la capilla mayor, se adquiere de la exclaustrada iglesia jesuita de Higuera la Real el órgano barroco de estilo portugués ubicado en el coro alto, y la iglesia pasa a estar decorada por un ciclo de pinturas con pasajes de la vida de la Virgen que actualmente se conservan en la sacristía. Durante el siglo XX se instalan nuevas capillas, la de Santa Teresa de Jesús, la de Nuestro Padre Jesús Nazareno y la del Cristo del Amor Misericordioso.  

La Virgen de la Coronada ha ostentado desde tiempo inmemorial el patronazgo sobre Villafranca. Prueba de ello fueron los múltiples reconocimientos que se le otorgaron hasta fecha muy temprana: es alcaldesa honoraria de Villafranca, fue coronada canónicamente por el obispo de Badajoz en 1951 y fue nombrada patrona de los viñedos.